根据《国际收支统计申报办法》第四条的规定，在我国境内设立的保税区也应进行国际收支统计申报。办法如下：
保税区内外的中国居民的货物进出，不需作国际收支统计申报，但需办理进出口收付汇核销；保税区内的中国居民与境外非中国居民发生的收付款行为，需进行国际收支统计申报，但不需办理进出口收付核销。具体操作如下：
1、如果保税区内企业向境外支付进口款，银行应让其客户填写“进口付汇核销单(代申报单)”，并在“进口付汇核销单(代申报单)”上加添“申报号码”和“国际收支交易编码”，输入电脑，向外汇局申报。但该“进口付汇核销单(代申报单)”只用于国际收支统计申报，不用于进口付汇核销。
2、如果境内保税区外的单位向保税区内的企业支付进口款，银行应让客户填写“进口付汇核销单(代申报单)”，银行不在此“进口付汇核销单(代申报)”上加注“申报号码”和“国际收支交易编码”，也不输入电脑，但银行应将“进口付汇核销单(代申报单)”用作进口付汇核销之用。
3、上述两类“进口付汇核销单(代申报单)”，银行应按有关规定分别保存，造册报送同级外汇局。
4、保税区内出口收汇的国际收支统计申报与出口收汇核销的作法比照上述3条办理。 法规依据：
《关于保税区国际收支统计申报的作法》
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